近日,我校生命科學學院王占旗副教授與中國農科院植保所/浙江大學周雪平教授團隊和浙江大學李飛教授團隊聯(lián)合構建了雙生病毒-植物-昆蟲數據庫GPIBase(Geminiviridae-Plant-Insect Database),,研究成果“GPIBase: A comprehensive resource for geminivirus–plant–insect research”正式發(fā)表于國際著名學術期刊《Molecular Plant》(中科院一區(qū)TOP,,2021IF = 21.95,2022即時影響因子IF = 26.52),。
該數據庫共包括五大主要模塊:
1)“Browse”:包括雙生病毒,、病毒宿主、病毒寄主以及病毒伴隨衛(wèi)星β信息的完整搜索與下載,,同時詳情界面提供了全面的基礎與遺傳信息,;
2)“Network”:將病毒-植物-昆蟲的互作關系通過網絡結構進行可視化,直觀分析不同病毒,、宿主和寄主的關系,;
3)“Phylogeny”:基于雙生病毒全基因組序列比對,構建了目前最為全面的雙生病毒科的系統(tǒng)發(fā)育關系,;
4)“Tools”:提供了BLAST功能進行病毒基因蛋白的比對與搜索,;
5)“Literature”:及時更新雙生病毒相關的研究進展,同時通過分析雙生病毒文獻作者,,初步構建了國際雙生病毒研究人員社區(qū),。該數據庫為雙生病毒的后續(xù)研究提供了便捷和重要基礎,。
GPIBase提供了最完整的雙生病毒,、病毒寄主信息、病毒媒介遺傳信息,,病毒-植物-昆蟲互作信息以及多種在線工具,,可實現相關文獻同步更新,,并初步搭建了國際雙生病毒研究人員社區(qū)。
論文鏈接:https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1674205223000400
通訊員:姜露
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